Обычно при необходимости автоматизировать создание архивных копий я использую утилиту 7zip. Она бесплатна, удобна в использовании и имеет интерфейс командной строки, что позволяет использовать ее в скриптах. Однако установка стороннего софта на сервер не всегда возможна, поэтому при необходимости можно создавать zip архивы, используя встроенный в Windows функционал.